El variador aguanta temperaturas bastante altas, si lo tienes por debajo de 80º o 90º deberias estar medianamente tranquilo. No creo que estar caliente influya en que funcione peor (pero quien sabe).
Aqui tienes un poco de info sobre variadores y motores ->
http://www.helicopterosrc.net/index.php?topic=12108.0Me da mas por pensar en que es tema de la bateria, ¿puede ser que siempre la apures demasiado y este fastidiandose? ¿o tal vez que cuando la cargas la cargas sin balanceo?