Gracias a Pilotero que me dio la idea de probar quitando todo el bloque de cola, he podido ir descartando zonas hasta dar con el problema. Era una holgura axial en el eje del portapalas trasero, para quitarla le he puesto una arandela y de esa forma toca bien en los dos rodamientos al cerrar la caja. También le he sujetado un poco mejor los rodamientos porque se movían una pizca en su alojamiento, no se me ha ocurrido otra cosa que meter plástico de cocina,... no queda 100% perfecto, pero sí mucho mejor. Ahora en las pruebas que he realizado me han bajado las vibraciones 1000 puntos con respecto a la última medición, ahora tengo esto:

Esto parece algo más normal, aunque 400 y pico aún me parece alto (quizá no lo sea tanto, no he podido comparar con otro 450) pero desde luego no tiene nada que ver con lo de antes. Ahora toca montarlo todo bien y probar a ver si hay algún problema en vuelo, espero notar la diferencia...
Saludos.