Buenas,
por la forma de expresarte veo que no has leído mucho sobre ajustes y demás de helicópteros.
A ver, el "engranaje del motor" es el piñón, y el "engranaje principal" es la corona.
Dices que "no conectaban", es decir que no engranaban, porque el piñón se había bajado.
El piñón llevará un tornillo, normalmente allen sin cabeza, para apretarlo con el eje del motor.
Entonces moviste el piñón para que engranara bien con la corona, y apretaste el tornillo.
Correcto, ya está a la misma altura, pero ¿te has fijado en la separación que hay entre el piñón y la corona?
Hay que dejarlo que engrane, pero que quede un pelín de holgura, de separación, que se pudiera meter un papel entre ellos.
Quizás viste un poco de separación, y moviste también el motor, para que "conectaran bien" jeje
Fíjate en eso, déjale esa holgurita. Hay que ser muy preciso en ese ajuste, ya que si no, no irá bien.
Busca primero el problema y arréglalo, o volverás a quemar el ESC.
Un saludo