Yo solo te recomendaría usar un software para hacer backup y restaurar los programas si y solo si necesitas el ordenador YA y tomandolo como solución temporal.
Si quieres hacerlo bien, hay que instalarlo todo desde cero.
Como comentaba antes, solo he utilizado soft de ese tipo cuando tuve un problema con un PC, no tenía a mano los programas de instalación y además lo necesitaba de forma urgente.
Lo que sí se peude pasar sin problemas por el medio que quieras (red, internet, disco duro) son los datos que tengas. Esos los copias a pelo y listo.