Particularmente no conozco tu cargador, yo no soy partidario de cargar baterias en paralelo, si no es con un cargador hecho para tal fin, puede haber varias explicaciones para tu problema por lo pronto se me ocurren dos, baterias de diferente amperaje o una bateria tocada (llegando al final de su vida util) Por lo que te recomendaria prueba a balancearlas de a una y observalas a ver cual carga antes o cualquier comportamiento anomalo y ves cual esta tocada.
Si son de diferente amperaje o capacidad, yo lo que haria es balancearlas de a una, hasta comprar de igual capacidad, pero teniendo un cargador multple para tal fin...