Saludos, y con permiso del maestro Raptorman.
Además del diseño y la configuración de la cabeza rotora (incluido las diferencias de peso, tamaño y perfil de las palas principales, y de las paletas estabilizadoras) también existen diferencias más sutiles como el reparto de pesos (más bajo en F3C, para tener más efecto péndulo), relación de transmisión más larga para FAI, mayor preocupación en 3D por bajar el peso (mayor agilidad), mayor preocupación por la aerodinámica y la velocidad en FAI...
Por regla general los diseños para 3D suelen estar mejor adaptados al tipo de vuelo para el que fueron diseñados, mientras que los de F3C están obligados a mantener el compromiso entre la estabilidad y la maniobrabilidad debido a las distintas fases que componen un vuelo FAI.
En mi opinion casi todos los modelos diseñados para una cosa pueden cumplir con la otra realizandole una serie de modificaciones, pero nunca tendrán el comportamiento puro de un helicóptero diseñado exprofeso para cada tipo de vuelo. Ejemplos que se me vienen a la cabeza son el Freya pensado en un principio para F3C y del que hay una versión 3D, o del caso contrario que bien prodría ser el nuevo T-Rex 700 F3C.
Respecto a tu pregunta (si no la he entendido mal) de si un helicóptero F3C es mejor para fuselar, pues yo creo que por regla general sí, pero como ya he comentado a un modelo 3D tambien se le puede adaptar para vuelo F3C, y por supuesto para fuselarlo (si el fuselaje lo permite).