Aquí puedes ver las diferencias
http://www.futaba-rc.com/systems/feature-compare.html a nivel de programación son prácticamente iguales 99,99%.
Como apunta Blau la 12Z utiliza LiOn de serie y la 12FG NiMH.
La 12FG tiene mas plástico que la 12Z que es metálica en casi su totalidad.
La 12Z utiliza memorias CF y la 12FG SD.
La 12Z tiene control de volumen.
la 12Z tiene un menú de servicio oculto que permite recalibrar y reasignar todos los interruptores.
Y esto es lo que recuerdo en este momento sobre las diferencias, yo la verdad es que siempre he estado enamorado de mi 12Z, no la cambio por otra.